关于《尼布楚条约》的签订，中国和俄国方面有着截然不同的历史叙事。
明朝末年，中国各地再次陷入分裂割据的局面，割据势力多达十数个。除了作为中央王朝的明王朝外，在关外有满清和蒙古人的各个部落，在外东北地区还有野人女真（包括达斡尔人、鄂温克人等生女真部落），在西南和西北地区则有蒙古人建立的各个汗国。在青海和西藏一带的固始汗在明朝末年势力正强，与清朝也建立了册封关系。在西北地区的阿尔泰山地区，卫拉特蒙古的准格尔部正在变得强大起来。
俄国人在1598年开始翻越乌拉尔山，击败了当地了蒙古部落，开始在广袤的西伯利亚圈地。当时整个西伯利亚有600万平方公里，而人口仅仅只有20万人，所以当地政权的武装抵抗聊胜于无，俄国人的推进速度非常快，半个世纪不到，就已经到达了太平洋沿岸的楚科奇半岛。俄国人将视线转向了南方，相比于冰天雪地的西伯利亚，温暖而肥沃的南方才是俄国人梦寐以求的土地。满清统治者的注意力始终都被来自南方的消息吸引，1643年的明帝国接连在东北和西北丧失了最为精锐的部队，陷入了严重的亡国危机。与此同时，俄国人侵入了黑龙江流域，建立了阿尔巴津要塞（雅克萨），并以此为根据地，沿着黑龙江修筑了大量的工事，以备进一步吞并黑龙江流域。
在这一地区的土著原是达斡尔人，是野人女真的一支，在1630年时就已经纳入了后金战略腹地。只是当地人数太少，后金只满足于当地酋长的臣服，从而过一把上国的瘾，并没有派遣士兵屯驻。俄国人打破了这一地区的势力平衡，在达斡尔酋长的急件中，满清皇帝已经得知了北疆的变故。可与此同时，多尔衮还收到了吴三桂请兵助剿的书信。
此时的满清并不如后来那样兵多将广，他们只能有一个战略方向。相对而言，尽管南下占领中土的风险更高，可与驱逐沙俄侵略者获得外东北的冰天雪地相对比，他们的选择就很容易理解了。满清入主中原后，战事频兴，在关内一直打到了1683年才算稳住了局势。至迟到1682年起，清政府才算真正对北疆日益造成的威胁引起重视。此前的谴责和交涉，因为缺少军事实力作为后盾，都不了了之。康熙二十四年(1685年)正月二十三日，为了彻底消除沙俄侵略，康熙命都统彭春赴爱珲，负责收复雅克萨。
在雅克萨之战中，虽然俄国人的抵抗也算英勇，但是最终还是在地利、人和优势下的清军的打击下溃不成军。在第二次雅克萨之战爆发的同时，1686年1月20日，俄国的索菲娅公主政府任命费多尔.阿列克谢耶维奇.戈洛文以全权大使身份前往西伯利亚，同中国的博格德汗派遣的使者进行谈判，平息事端。如果使者不到，就与为此目的派来的军队长官谈判。为此，俄国人先行派遣了两位使者来到北京递交了国书。
毕竟路途遥远，俄军头目在雅克萨再生事端，因此即便收到了俄国的国书，清军在第二次雅克萨之战中依然打的很是英勇。826多名俄国侵略军最终只有66人存活了下来——不要觉得俄军人数太少，俄国人在西伯利亚的扩张的兵力从来没有超过1200人。在雅克萨之战中，俄国人已经当成了大战役来打了。俄国人被打急了，派出了急使，商定了谈判地点及时间。
中国的史书记载详实，前因后果交代的清清楚楚。不管是作为中华故土，还是清朝皇帝作为蒙古共主的博格德汗，都对西伯利亚草原地带拥有合理合法的所有权。对于沙俄急使的谈判要求，满清朝廷认为是俄国人软弱的表现。来而不往非礼也，清政府也同意进行谈判。
俄罗斯是怎样记载中俄尼布楚条约的？
1688年5月29日，康熙皇帝召见了索额图、佟国纲和阿尔尼三位主要使臣，同他们进行了谈话，然后赏赐他们每人一匹马、一把军刀、一张弓、一件长袍和其他贵重物品，以示诸臣使命之至关重要。第二天举行了盛大的送行仪式。使臣们有骑兵队和辎重队随行，踏上了遥远艰难的旅途。不过，此时的使团的气氛应该是欢欣鼓舞的，因为在北方的战场上，清帝国获得了军事优势，因此在谈判桌上的筹码和底气自然要多的多。清帝国的全权使臣索额图上奏给康熙皇帝的奏章称“鄂罗斯所据尼布楚，本系我茂明安部游牧之所，雅克萨系我达呼儿总管倍勒儿故墟，原非罗刹所有，亦非两界隙地也。尼布楚、雅克萨、黑龙江上下，及通此江一河一溪皆属我地，不可弃之于鄂罗斯。”这也得到了康熙的首肯，此即可作为清帝国的底牌，即要求获得黑龙江以及该水系所有河流的流域土地范围。
可是，当使团走出漠南蒙古地界，来到了漠北时，皇帝派出的使者截住了使团。喀尔喀诸汗与噶尔丹开战，这不仅阻碍了使团通过蒙古，还大大改变了整个边境地区的形势。噶尔丹战胜了喀尔喀诸汗，使漠西蒙古和漠北蒙古的版图合并，使得致力于征服蒙古地区的北京感到不安。而且，极有可能出现的情形是，噶尔丹有可能与俄国结盟威胁到清帝国的国威。
卫拉特蒙古的准葛尔部的噶尔丹用了10年时间整合了西北蒙古各个部落，已然成为了一股强大的势力。在1678年就噶尔丹就成为了“博硕克图汗”，喀尔喀蒙古部落也参加了典礼，算是承认了噶尔丹的势力。可是噶尔丹并没有打算就此收手，他在西北所做的一切，都是为了整合更多的力量，再次恢复元朝的疆域。对于漠南蒙古和漠北蒙古部落对北京的博格图汗（清朝皇帝）的臣服，噶尔丹视其为蒙奸。因此，在1688年噶尔丹大举进攻漠北喀尔喀蒙古。喀尔喀蒙古的王公们需要寻找外援来对抗噶尔丹，在综合权衡了盘踞在北方的俄国全权大使戈洛文和北京的博格图汗后，最终派遣了使者来到了北京寻求庇护。
俄国人也感到很不安，本来俄国人就已经被清军击败，处于弱势地位，因此才着急忙慌地跑到北京，冒着被奚落的风险请求谈判。好歹清朝政府同意谈判了，结果又整出了这出变故。谈判不成还在其次，如果清朝与蒙古人达成了某项协议，共同对付俄国人在西伯利亚的势力，那么俄国人就将无立锥之地了。所以，莫斯科政府对戈洛文也发出了指示，如果清朝代表不到边境，就直接向北京派遣专门的使团送交俄中条约的文本，在北京签条约。
“信件范本”和三种“条约范本”都是在莫斯科制定的，他们连同诏书和国家外务衙门给戈洛文的要旨一并送达到戈洛文处。俄国人的底牌分别是：
第一个范本：确定以阿穆尔河（黑龙江）为边界，并载入条约，这是基本立场。此外，还制定了备用方案，如果中国的使臣不愿以阿穆尔河为界，就进行谈判，以到贝斯特拉亚河或结雅河为止的阿穆尔河为界。
第二个范本：如果以上的条件谈不拢，就力争以阿尔巴津要塞（雅克萨）为界，但要争取到阿穆尔河及上述贝斯特拉亚河沿岸的渔猎场。
第三个范本：如果经过最后的努力，中国方面仍不愿意以阿尔巴津为界，那么，就同意拆除阿尔巴津要塞，两国人员都不进入这一地区。
可是戈洛文并没有像莫斯科那样惊慌，他冷静地评估了形势，决定在受到北京关于使团会议的答复和澄清与蒙古诸汗之间的关系之前，暂缓派出使团到北京签约。按照戈洛文的私心来看，他可能丢不起这个人。如果俄国人果真选择在北京签约，以第三个范本来考虑，那么可以想象的是，整个东西伯利亚都将成为待议地区。
1688年9月，戈洛文主动征讨拒不与俄国合作蒙古的兀鲁斯（牙帐），以平定敌对的诸汗，用以解除外贝加尔地区不再受到蒙古骑兵的威胁，戈洛文此时手中的兵力不过2000人左右。
由于北疆的突然变故，康熙自然也派遣了大量的谍报人员。当获悉俄国军队战胜了拒不合作的蒙古人，康熙皇帝就意识到要做好军事外交两手准备了。康熙皇帝集中了大批军队，人数约合2万人，做好一切准备在春季开赴俄国边城色楞格斯克和涅尔琴斯克。同时，还命令使团带着大批军队和武器弹药前往参加使团会议，一路去色楞格斯克，一路去涅尔琴斯克。这根本就不是去谈判的，就像是秦赵渑池之会，双方都是剑拔弩张的态势。
戈洛文也沉不住气了，在给莫斯科的信中，戈洛文表示担心满清军队联合蒙古军队发起两路进攻——一路攻向涅尔琴斯克，一路攻向色楞格斯克。他担心，他手里的兵力太少，不可能在两路设防。因此，俄国使者决定加速缔结俄中条约，以免夜长梦多。可是，当俄国的使者带着三个条约的范本前往北京时，俄国使团内部发生了分歧，涅尔琴斯克的督军伊.叶.弗拉索夫拒绝在规定拆除阿尔巴津堡的第三个条约范本上签字。
俄国代表团到达北京后，很快就获得了接见，与上次的会见相比，速度快了很多。这也表明了清朝内部因为噶尔丹的变故，也引起了猜疑之心。康熙皇帝决定接受喀尔喀蒙古的投诚，在1688年就已经开始准备与噶尔丹作战。因此，为了减少一个敌人，清王朝需要尽快与俄国人解决边境冲突。因此，经过一番不太冗长的谈判，康熙皇帝决定派遣使团再次前往色楞格斯克。
没有想到清朝如此痛快地答应再次派遣使团，俄国使者就没有出示三个范本——既然总要谈，现在出示岂不是太跌份了？1689年5月17日，俄国使者在向戈洛文发出使团即将出发的函件后，也很快离开了北京。在清帝国使团出发前，索额图请示上意：“尼布楚、雅克萨既是我属所居地，臣等请以前议，以尼布楚为界，此内诸地皆归于我”。但是与噶尔丹的战争开始时并不是很顺利，康熙认为应该尽快与俄国达成协议，因此指示不要坚持尼布楚土地的归属，“尔等初议时，仍当以尼布潮为界。彼使者若恳求尼布潮，可即以额尔古纳为界。”
如此，俄清双方，都力求尽快消除相互间的纠纷，并缔结和约，而且双方都有领土划界谈判方案的备用方案。康熙皇帝甚至派出了大批军队提前来到涅尔琴斯克，并授意使团，可以在必要的时候进行军事行动，向俄人施加压力。康熙为此派出的军队总数约15000人，装备精良，因此在俄国人看来，这一场谈判就像是在清军武力威胁下的城下之盟。
莫斯科政府给予戈洛文的指示是，不惜一切代价缔结和约，甚至决定一退再退，实在不行，就留下一些军事人员，将大队人马撤回莫斯科。因为当时的俄国内忧外患，政府软弱乏力，还面临着土耳其的咄咄逼人的攻势。
然而最后的谈判结果，如果单纯从领土方面来看，清朝是吃亏的，因为俄国人的底线几乎是没有的，而且历来属于清朝的尼布楚地区，成为了俄国的领土。但是更令人诧异的是俄国人的态度，俄国历史学家对《尼布楚条约》有两种看法，一种是积极的，认为大体上是个平等条约。另一种则完全相反，他们认为自己吃了亏，而且是奇耻大辱。
这些人的理由有很奇葩，他们认为俄罗斯是在清朝的枪炮下，被迫签订的，而且中国利用该条约占领了俄国在黑龙江领域的固有领土，持这种观点的而且不在少数。早在1740年，俄罗斯科学院院士米勒就是这么评价《尼布楚条约》条约的：“由于戈洛文的畏惧，迫不得已几乎完全按照中国方面提出的条件来进行谈判的”，“这个条约使俄国人不仅丧失一大块领土，也丧失了阿穆尔河的航行权”。他们已经完全忽视了戈洛文在莫斯科政府毫无底线的底牌前，为俄国争取了那么多的领土和权益。在他们的设想中，清帝国的边界应该是在阿穆尔河以南数百公里的柳条边。
俄国人对此的解释是清帝国无视俄国人已经在此开拓30年（1643-1688）的事实，而固执地以领土安全而不是以客观现实为由要求获得阿穆尔河流域所有的土地这一无理要求。由于清帝国有着天时、地利、人和，所以俄国人屈辱地放弃了自己的土地。由于有这样的论调，所以在1858年的《瑷珲条约》和1860年的《北京条约》中，俄国人对获得外东北地区和乌苏里江以东地区100多万平方公里的中国领土视为对1689年的《尼布楚条约》的补偿和修正，是正当而且是正义的。
可是俄国人选择性失忆的表述，是站在俄国人的立场上的。他们认为黑龙江流域是无主之地，可是这一片土地历史上数次内属，在明王朝和蒙古人的势力逐渐南移，满清在1630-1635年也重新确立了该地的主权。如果真要往上追溯，肃慎、獩貘等东北族系都是中华帝国的属民，永乐时还在黑龙江出海口立了一块界碑，以宣示主权，何来无主之地的称谓？只是中国传统的朝贡秩序，只满足于边疆民族的朝贡，加之是少数民族的游牧地，向来缺少内地郡县制的改土归流，如此才为强人所乘。俄国人以此为由，岂不是强盗逻辑吗？可见中国即使放弃了尼布楚地区数十万平方公里的土地，并且在事实上也确认了外东北地区以外的土地为无主之地，也没有换得俄国人的友谊。
更有人认为《尼布楚条约》是中国和俄国两国联手瓜分蒙古人的土地，这一论点就更是大谬。中国是多民族国家，蒙古系出东胡，也为华夏遗脉，所属土地自然也是“五族共和”法理之内的土地。何谈要瓜分？兄弟阋于墙外御其侮。
近代以来的中国，不知有多少人吟唱着《七子之歌》，投身于救亡运动，抛头颅、洒热血，用无量的牺牲才换回了如今的国土。土地乃是民族生存之根本，怎么可轻易予人？必然寸土必争。《尼布楚条约》在中国看来虽然勉强算是一个平等条约，如从深层次去探究，却也是一场谈判场上的失败以及土地意义认识上的无知。
尼布楚条约
