1939年12月4日，寓居北平近八年之久的吴佩孚，逝世于什锦花园胡同11号公馆，享年六十六岁。
吴佩孚早已远离了波诡云谲的政治舞台，却在日本驻华军人策动卢沟桥事变侵占华北后，成了各方政治力量竞相争取与联合的对象。日本人打的算盘是：让社会声望极高，且一贯敌视日本的北洋旧人吴佩孚“出山”，是推行所谓中日“和平运动”最有说服力的招牌。然而，无论日本人如何利诱，使出软的或硬的种种招数，这位生性狷介忠直，以关岳自况的吴大帅，虽身处虎狼之地，在大小汉奸纷纷落水之际，以“志士不忘在沟壑”明志，拒绝日伪诱迫，岿然不为所动。以致吴佩孚的噩耗传出，举国震惊，各方哀悼，唁电如雪片一般发至什锦花园胡同。在其后的一个月中，除北平为其操办了大规模治丧活动外, 全国抗战中枢的重庆国民政府也举办了隆重的纪念活动，国内外新闻机构曾进行了密集报道。吴佩孚的身后事可谓哀荣备至，有报刊称：吴氏治丧，为民国以来北平所罕见。
吴佩孚灵柩停厝近七年后才入土
吴佩孚去世的次日，故都北平便正式组成“吴上将军治丧处”，成员有一百八十余人，多为社会名流与吴氏生前友好。治丧处由齐燮元任总理，蒋雁行等任协理，并设总务处、文书处、会计处、交际处、庶务处、警防处、宣传处。称奇的是：在直接参与治丧的人士中，有的一生互为政敌，老死不相往来，却在为吴氏治丧的名义下同相与谋了。
吴氏一生，充满传奇。他以秀才之身，于国家多难之际，投入沙场军界，渐由士卒跻身将帅，成为影响中国近现代历史进程的著名人物。1920年，吴佩孚自湖南衡阳撤防北归，罢战主和，责师抗上，吊民伐罪，从而获得国人赞誉。作为民国时期的著名将领，执掌兵符近三十年，军事才能在当世中国武人中堪称首屈一指。在其军事生涯前期，曾一战安湘、再战败皖、三战定鄂、四战克奉，有常胜将军之名。1924年败于第二次直奉战争，时人也多谓非战之罪；再败于南方革命军之北伐，遂息影下野。晚年又潜心于阐释儒家学说，有《循分新书》、《正一道诠》、《明德讲义》、《春秋正义证释》等著作传世。他注重修身，廉洁自守，忠诚无畏，算得上是民国政坛军界中的佼佼者。对他一生的事功、品格与为人处事，民国名记者陶菊隐誉其为“中国旧军人的最后一个典型”。
吴佩孚的死因，时人有多种说法，至今谜团未解，未能定论。可以肯定的是：无论他是死于日伪的阴谋，还是误于庸医之手，都无碍他的晚节。对吴的辞世，伪华北政权所控制的《新民报》于1939 年12月5日，以“吴佩孚将军昨晚在寓逝世东方文化上一大损失”为题发布了吴佩孚死讯，报道称：“吴佩孚将军，以六秩晋六之翁，身体素健，步履如恒，讵于前四五日突罹牙疾，当延伊东日本大夫及中医郭眉臣，西医方石珊，德医史替芬等医治，以期万全。惟牙肿迄未见痊可，竟于四日下午六时病逝，享年六十六岁。将军之生前友好齐燮元、江朝宗、蒋雁行、孙丹林、陈廷杰、陈中孚诸氏主持治丧处云。”而抗战后方重庆的《中央日报》也于12月6日刊登消息说：“敌因汪逆精卫之伪中央政权不为各方面所承认，乃急图强迫吴佩孚出任某重要军职，加强傀儡组织之声誉。自上月二十五日起，敌即派大批特务人员包围吴氏住宅，敌酋坂西并亲晤吴氏，迫其与汪逆合作，或在华北自树一帜，虽为吴氏所拒绝，而敌酋仍日往逼诱。二十九日起，吴氏突患牙痛，敌嘱日医为之诊治，同时吴宅即为宪兵所监视，进出均受检查。本月三日，吴氏牙痛更剧，日医商得坂西同意后，施行拔牙手术，此后吴氏即转入昏迷状态。四日午后稍清醒，欲邀亲友及旧时僚属谈话，然终不可得，最后乃语其夫人曰：‘死得好！’日医此时复为之注射，吴氏复入睡眠状态，延至下午六时五十分乃与世长辞。”又讯称：“吴佩孚病逝之消息传出后，各界人士一致表示哀悼，咸认吴为富贵不能淫，威武不能屈之爱国男儿。自‘临时政府’成立以来，王克敏及日方曾屡次请吴氏出任伪职，汪精卫曾以此为请，但均为吴严词拒绝。今日日方所办之英文报，称吴氏将出任汪氏政权之军政部长之说，亦并不可靠，盖吴氏已屡行表示不就任何伪职也，吴死后日方之组府工作，势必更趋困难云。”
中国最具影响力的媒体《大公报》，也于12月6日发表社评《悼吴佩孚将军》，其中说：“吴佩孚将军以败血症于前夕逝世于北平，此一代人杰，乃于今日保持完节溘然长逝于异族大敌统治下之故都，全国同胞闻此噩耗，均不胜其感念悲悼之情矣！综计吴氏一生，实功多于过，而其气节之高，操守之坚，尤可谓中国旧军人之最后一个典型。吴氏治军严肃，持己俭约，尤崇慕关岳之为人。关寿亭深陷贼营，心不忘汉，此与吴氏之晚节极相符合；岳武穆抗敌复国，志决身歼，吴氏虽未尝得此机遇，然其拒敌不屈，亦可无愧矣。惟其志节坚贞，故能出污泥而不染，嬉笑怒骂于暴敌群奸之重围中，而始终不屈。呜呼！将军死矣，其正气高节则凛然长存于天壤之间，绌暴敌，愧群奸，永为中华民族之好男儿，将军有之矣！”
在北伐战争中曾视吴佩孚为最大敌人的蒋介石，闻吴去世，亲致唁电：“顷闻子玉先生因患牙疾，竟致不起，噩耗传来，殊深怆悼。溯自寇患凭陵，于兹八载。先生托志春秋，精忠许国，比岁以还，处境弥艰，劲节弥厉，虽暴敌肆其诱胁，群奸竭其簧鼓，迄后屹立如山，不移不屈，大义炳耀，海宇崇钦。先生之身虽逝，而其坚贞之气，实足以作励兆民，流芳万古。除请政府优颁饬终令典，以彰明德外，务希善体遗志，节哀顺变，藉襄大事。是所企盼。中正鱼。”随后国民政府与最高国防委员会决议：追赠吴佩孚为陆军一级上将。耐人寻味的是，汪精卫虽拉拢吴佩孚碰了钉子，心存怨恨，但还是代表伪南京政府发去了唁电：“微电惊悉，吴上将军和平救国夙愿未偿，遽尔长逝，哀悼良深，谨此致唁。”
大殓日期定于12月5日下午举行，由儿子吴道时等亲属四人将遗体移入棺内。盛殓吴氏遗体的是一具老金丝楠木棺，为万益祥木厂所制作的一流大棺，标价11000元，该号老板久慕吴氏为人，只收取7500 元成本费。殉殓之物因吴佩孚留有遗嘱，仅为一些勋章、纪念章及包金制钱数枚等物，无任何值钱的珍宝古玩。12月6日为吴氏“接三”之日，接三为人死之初祭、殓后之大典，伪南京政府通令各省下半旗致哀，并派议政委员会委员长汤尔和亲至吴宅致祭。当日，什锦花园胡同一带，车水马龙，政界新贵、各方名流接踵而至，赴吴宅吊祭，加上吴佩孚的亲朋故旧、昔日袍泽，约千人之众。“名流”之中有董康、马良、余晋龢、鲍观澄、周肇祥、宋介、冷家骥、何丰林、殷汝耕等。这天下午，日本华北派遣军最高指挥官多田中将竟然也来到吴宅致祭。同时举办的度亡道场，可谓规模盛大，所用僧道之多，为民国以来的大人物丧事中所罕见。灵棚内高悬红、黄、蓝、紫、青各色经幡四十幢，共十棚经，僧道人数达百余众。乐队亦有数班，竟日参与演奏。下午6 时“接三”，先举行家祭，其子吴道时主持行礼。祭礼毕，来宾齐向灵位三鞠躬，即行“送三”。送三的行列延绵数里，东四一带，万人空巷，交通为之阻隔。送三行列出什锦花园东口向南，经东四北大街折向西行，至隆福寺神路街焚化车轿等冥器，香火缭绕，哭声震天。为吴氏办的“迎三送路”，场面之大，景况之盛，可谓近世无匹。在治丧期间，北平各大寺院的法师、高僧，轮流诵经，时称“送经忏”，逢“七”在夜间加放“焰口”。1940年 1月16日举行的“点主”大典，竟请来了前清翰林傅增湘为点主官，前清翰林潘龄皋、符定一为陪主，陈幼孳、劳之常、孙汉尘、高松筌为襄主，张馥卿、孙子涵等为司仪，“点主”仪式上亦是嘉宾如云。
1940年1月21日，重庆国民政府先于吴佩孚移灵之日，举办了吴佩孚将军追悼大会，蒋介石亲临致祭并送挽联一副：“落日睹孤城，百折不回完壮志；大风思猛士，万方多难惜斯人。”丁惟汾、于右任、孔祥熙、叶楚伧、朱家骅、何应钦、陈立夫等军政要人，以及各机关团体代表二百多人出席，由行政院副院长孔祥熙致悼辞。国民党元老吴稚晖在追悼会上诙谐地说：“自从我们吴姓出了一个大汉奸吴三桂，近三百年来，姓吴的人都没脸见人。如今好了，吴姓出了一位大忠烈吴佩孚，我们的脸上可大有光彩了！”
1940年1月24日，吴氏灵柩举殡，为民国以来北平最大规模的出殡。由六十四名杠夫肩抬盛殓吴氏遗体的金丝楠灵柩，灵柩两侧各系三百尺长的白练，由送殡人牵引，缓缓行进。移灵所经线路由社会各界设立祭棚十一座，路祭桌、茶桌鳞次栉比，难以数计。灵柩上午出什锦花园胡同东口，殡列经由东四、灯市口、王府井、东长安街、天安门、西长安街、西单北大街、缸瓦市、西四南大街，向东经西安门外大街、西安门内大街、文津街，跨北海御河桥，经北海前门，进景山西街，经地安门内大街、地安门外大街、鼓楼西大街、旧鼓楼大街，进大石桥胡同拈花寺时，已是夕阳西下时分。吴佩孚生前客居北平，未置茔地。身后之事，是日后归葬蓬莱祖茔，还是在北平择地安葬，尚未定论。吴遽然去世，暂在拈花寺东跨院（原为寺内菜园)，借地建造三间大顶殿式房屋，命名“武圣祠”，以停放吴氏灵柩。未曾料想，因抗日战争之故，吴佩孚的灵柩在拈花寺停厝近七年之久。
直到抗战胜利，国民政府认为“故吴上将军佩孚，于沦陷期间，忠贞不屈，大节凛然，为国殒殁。为表彰忠烈，追赠陆军一级上将衔”。拨发治丧费一万元，并以“故旧袍泽”及“平市各界”名义发起公葬，旋即组成以孔祥熙、李宗仁为主任委员的“蓬莱吴上将军营葬委员会”，1946年12月16日举行盛大的安葬仪式，将这位民国风云人物，安葬于玉泉山西麓私家墓地。国土重光，吴佩孚也终于入土为安了。
当时，吴佩孚公葬的事宜，北平的各大报馆均发布了启事，一时成为市民热议的话题。有的市民很是羡慕吴氏的身后哀荣，说：“日本人占北平时，吴大帅就大办了丧事，现在中央（国民政府），又要给他办一次，大帅这辈子真倒是干着啦！”
吴佩孚
