忍者的起源一直众说纷纭，现有主流观点认为，处于社会下层的农民为了各种目的从而运用各种工具——主要是由农具所改造——为领主完成各种任务，在一个长期过程中，相当一部分农民成为了专职秘策、破坏、暗杀、收集敌方前线情报、搅乱敌方后援基地……等种种谍报活动的忍者。这些忍者在不同时期、不同地点受命于不同的领主，有的则为独立的势力。在忍术秘本中，留有圣德太子（五世纪末至六世纪初）身边有位名叫大伴细人的忍者的记载。而这，也是最早的关于忍者的记录。那时的忍者叫做“志能便”。在此后的岁月中，忍者还有“斥候”、“乱波”、“间见”、“见方”、“目付”这些名字。“忍者”这个称谓，是从江户时代开始确定的。
忍者的起源之谜：姜子牙首创
至于忍者具体的起源时间，则没有人可以断言。可以确定的是，忍者从产生之日起就受到了来自中国的影响。
有人认为忍术是由姜太公吕望最先提出的。在忍术权威书籍《万川集海》中记载忍术思想的根源来自中国殷周之际的姜太公吕望，后经孙武、张良、韩信等人完善，形成了最初的忍术理论。特别值得注意的是，《孙子兵法》也很受后世忍者阶级的推崇。在忍术传入日本后，来自中国的忍术理论基础与修练道和山中的伏击战技巧相结合，遂产生了日本特有的忍术，并同时产生了忍者这一特殊的职业。
而另一观点则认为忍术是由传入日本的中国汉代的五行术所发展形成的，与空手道、柔道一样，都是产生于中国而发展于日本。
以上只是战略上的起源。实际上，忍者修炼忍术的最本质最核心同时也是最顶级的目的并非是为了战争，更重要的是要达到与自然的和谐统一。同时为了对自己进行启迪。所以忍者大多修炼佛教中的密宗。密宗起源于西南印度、德干高原，后来再向南印度和东北印度传播，以超戒寺为中心，获得波罗王朝的支持而迅速发展。后传到中国。唐贞元二十年（804）,日本僧人空海大师来唐学法，在长安青龙寺从惠果大师受金刚界、胎藏界两部秘法，并受传法大阿阇黎位。3年后回国，以平安（今京都）东寺为中心弘传密教，并建高野山金刚峰寺为传教“根本道场”,创立真言宗,以传金刚界密法为主，亦称“东密”。
