关于直系军阀首领吴佩孚的死因，有两种最基本的说法在民间广为流行，第一种说法就是被军统所杀，1995年，《上海文史》发表了一篇文章，既《吴佩孚死因新说》，文中提到，吴佩孚的暴死并非是因为日本人，而是当时重庆方面截获了日本和吴佩孚会谈的文件，并确认吴佩孚已经降日，并担任了“华中绥靖委员会”的委员长，为粉碎日本的阴谋，谋划了刺杀吴佩孚的计划。
从民国档案探讨吴佩孚晚年真正死因
该计划就是让吴佩孚副官利用吴佩孚的“牙疾”，趁机将其解决，这篇文章被发表后立马引起了诸多学者的关注，台湾期刊《传记文学》全文转载的同时，还同时公开了一份关于吴佩孚和日本会谈的文件，并对这种观点进行反驳，随后这种说法再也没有有力的证据，因此这种观点总体上没有被世人所认可。
而第二种说法就比较流行，那就是认为吴佩孚是被日本人所杀害，而且证据也比较多，不过细细推敲，其实这种说法目前也存在着许多的问题。
郭剑林先生在《一代枭雄 吴佩孚大传》中就是认为吴佩孚被日本人所杀害，这种说法的证据就是来自于对吴佩孚后人的采访，不过由于吴佩孚的继孙当时年仅10岁，加上比较仇视日本人，所以其继孙的口述也很难令人信服。
而目前比较令人信服的是，吴佩孚并非死于他杀，而是因病去世，而且所患之病就是因为牙疾引发的血毒症，总所周知，吴佩孚一直患有牙疾，身体也很不好。
1923年10月，他在洛阳大摆宴席，迎接孙中山特使徐绍祯，席间吴佩孚推崇三民主义，但严厉反对联俄容共，宴席间说到兴奋处，吴佩孚牙疾突然发作，“在洛宴孙大元帅特使徐绍祯，执礼甚恭，推崇三民主义，但反对联俄容共，忧愤之余，牙疾顿作”。
又在1932年1月，“先生以国难方殷，避启内争，率部离兰，北趋宁夏，自四川灌县起，部属沿途禁坐滑竿，已亦终日乘马，不辞劳累，越沙漠，不得勺饮，过红城子，终日无食，备极艰辛，牙疾爆发，全身冷颤，每日服附半斤，半月始愈，过五原始改乘汽车。”
而吴佩孚逝世的原因也是因为牙痛导致的，1939年11月，天冷时一起吃火锅，吴佩孚还和幕僚们说起牙齿的事，他说：“我的牙齿出了点毛病，镶的金叶子有点刮舌头”，幕僚们说：“那换个镶就好了”，当天晚上吴佩孚就找来镶牙师，不过由于吴佩孚年龄大了，他牙齿上有颗洞，镶牙的师傅怕他受不住疼就没给他补。
不巧的是12月吃饺子时，饺子馅没有弄好，里面还有碎骨头，那几颗碎骨头正好嵌在了牙齿的空洞内，当时吴佩孚痛到直接流眼泪，不过当着大家的面，他还是忍着把饺子给咽了下去，吃完饭后，家人找来了日本医生尹腾来给吴佩孚看牙。
这个尹腾虽然是日本人，可其实他并非像民间传的那样有政治背景，吴佩孚身边的人也经常找他看牙，所以吴佩孚信得过，尹腾也并没有故意要害吴佩孚。
12月2日，尹腾在为吴佩孚看完牙齿后，就直接将吴佩孚的牙齿给拔掉，但拔完之后，消毒工作没有做好，导致牙齿发炎，到了晚上，吴佩孚的整个脸部就肿了起来。关于吴佩孚发牙疾，《申报》也有文章记载。
1939年12月6日的的《申报》就写着：“吴佩孚自四五日前患牙痛，已有六日”，《中央日报》1939年12月7日记载：“业已患病六日”“廿九日起”。
那么民间流传的牙医尹腾杀害吴佩孚的书法又是从哪里来呢？其实这种说法来自于章君榖的《吴佩孚传》，书中有提到，吴佩孚吃饭时被小石子卡住了牙齿，便叫来日本牙医尹东（尹腾），并强调到这个牙医尹东有日本政治背景，这种说法后来就演变成了日本人谋害吴佩孚。
不过章君榖也并非擅自推断，他的这种说法主要依据是张伯伦在《殉国始末》中的记载：“先生素有牙疾，一日晚饭与幕友会食时，笔者亦在座，饭中一粒石子伤及牙龈，其张夫人无意中请一日本牙医尹东来，先生颇为不欲，但医师已来，姑强治之，尹东遂将痛牙拔去，次日左颊全肿，又改中医外科，治疗无效”。
其次，《中央日报》的说法也和张伯伦提到的类似：“廿九日起，吴氏突患牙痛，敌嘱日医为之诊治，同时吴债被敌宪兵所监视，进出均受检查。”吴佩孚牙床发肿后，又因不小心出去没有戴帽子保暖，当时天气寒冷，加上身体虚弱，因此患上了重感冒，为了治病，吴佩孚家人请来了赵中医，并为他开了几幅中药，吴佩孚吃了后觉得不错。
但其家人还是不放心，又请来了曹锟的御用医生曹医生前来治病，然而这一治就出大问题了，曹锟的这位医生是有名的庸医，人送外号“曹要命”，他给吴佩孚看完病后，草草地开了个药方子，吴佩孚在晚上十点服了药，没想到吃完就全身发冷，房屋内的暖气又恰巧坏了，导致病情迅速恶化，所以如果真的要追究根源，吴佩孚的死跟这个江湖庸医关系最大。
到了晚上两点，吴佩孚已经快不行了，连忙叫来儿子，开始准备后事，但到了凌晨六点左右，吴佩孚病情又好了起来，第二天早上他还开玩笑地说：“昨天夜里差点就命丧黄泉了”，为此，幕僚们一致反对让“曹要命”来为他治病，但吴佩孚的夫人却很信他，认为他都给曹锟看病，一定不会太差，所以又让他开了一副药，这副药吃完后，吴佩孚全身发热。
在《吴佩孚先生集》中提到“张夫人延天津中医郭某投石膏二两，先生不愿，固请乃服，服后愈痛，卒无效”，之后吴佩孚的夫人又请了许多中医，吴佩孚的肿痛更加严重。知道“曹要命”医术不行时，吴佩孚的夫人到处找医生，但都没有效果。
最后将其移交给德国医生史蒂夫斯，史蒂夫斯检查后说必须给吴佩孚输血，不过最终还是没有输血，只是打针吃药，因为吴佩孚极力反对开刀输血，移交给德国医生时，吴佩孚已经患了恶疾六日，德国医生当时要求马上手术，但其家人拒绝手术，史蒂夫斯医生后来说，当时吴佩孚的牙肿已经到了喉咙，严重威胁他的呼吸，就劝告他进行手术，但家属全部反对，只因医院在德国使馆中，与吴佩孚的三不主义相驳。
后来吴佩孚家人要求史蒂夫斯医生在家中动手术，不过史蒂夫斯认为在家中手术很不方便，加上乱服用草药，已经不是手术的最佳时期，拖来拖去，时间拖到了12月3日的深夜，吴佩孚也觉得自己大限已到，就开始交代后事。
临终时吴佩孚提到要找一封信，可还没说完就说不下去了，后来又准备写字，但字也写不下去，幕僚们最终也没有找到那封信，幕僚们说这是吴佩孚答复日本人的信件，不过最终没能找打，也就不知道信中写了什么。
不过吴佩孚并没有宰12月3日去世，四日早晨，吴佩孚回光返照还吃了一大碗白粥，德国医生见状连忙要求他入院开到，但吴佩孚依旧不愿去，此时幕僚们又请来了一名日本医生，但吴佩孚知道后态度很坚决，不准让日本医生来为他看病，但幕僚很生气，对张夫人说：“老爷不让日本人给他看病，是怕日本人害他”说完便让日本医生上楼为他看病，强行动手术。
不过此时吴佩孚已经不行，吴佩孚的亲信汪崇屏就说：“他已经不行了，为何还要让日本医生担此恶名呢？让他安静离去，不是更好？”但此时日本医生说或许还有治，于是就开始在家中动手术，可刚一下刀，吴佩孚就断气了，吴府上下顿时哭声一片，那两名日本医生差点就被打死，但汪崇屏说：“他们也是为吴先生好”，遂让人护送两名医生回去。
《申报》也有刊登相关的文章，称：“旋有日本医生寺田者来珍视，认为无问题，不料即在施行手续中，即行气绝”
《中央日报》也记载：“吴氏实施前，施行手术之医生为日本同仁医院寺田，据日本医生宣称：吴病象并无生命危险，但手术施行时，即行逝世。”
而《吴佩孚先生集》又是这样记载的：“12月4日，日人川本及军医处长石田奉命前来......川本为先生强行施手术，家人及部属劝阻无效，四时开刀，喉管切破，血流如注，一叫而绝身亡，殉国。”
然而在其他家日报上，吴佩孚的死就更加离奇，《川东日报》：“中央社香港电：天津来人谈，吴佩孚将军之死，经各方面调查，得悉并非因病致死，确系，经威胁利诱，迫其发表新郑宣言，经吴拒绝，乘牙医就医致死”。
而且关于吴佩孚死亡的时间，也有争议，《中央日报》记载：“当为下午四时至五时之间，享年61岁”，《申报》记载：“至下午五时半，陷于危笃，至下午七时，享年六十有七”，但依据汪崇屏的说法，吴佩孚应该是在上午病逝。
关于吴佩孚的死，至今仍旧是争议不断，但翻看民国档案所记载的资料，大致可以推出一二：一，吴佩孚的确是患了牙疾并且很严重，也请了中医来看导致病情加重。
二、吴佩孚在动手术之前已经非常虚弱，德国医生及重庆《中央日报》的记载都证实这一点。
三、吴佩孚是在动手术时去世，有可能是日本医生故意为之，也有可能是其本身就很虚弱，经不起手术，加上在家中手术条件不好，当时医疗条件也有限，导致其死亡。
总之，吴佩孚之死绝非是像民间流传那样被日本人蓄谋杀害，但其真正死因至今很难定夺，不过无论其死因如何，吴佩孚晚年坚决不当汉奸，这是世人总所周知的事实，他的晚节是高尚的，也值得所有人尊敬，无论他是否被日本人所杀，都不会影响到吴佩孚对国家的忠心以及不当汉奸的高尚品格。
吴佩孚
