在历经磨难终于登上皇位后，朱佑樘毕生致力于扭转宪宗时期王朝的腐败局面。他驱逐了李孜省、梁芳、任杰和蒯刚，这些人在成化朝通过腐败和贿赂发家。
同时，朱佑樘还启用了一大批正直贤能之士，如王恕、马文升、徐溥、刘健、谢迁、李东阳等。朱佑樘主张直言不讳，宽厚仁慈，勤俭节约，不近女色，勤于政事，重视司法。
孝宗的勤奋终于换来了政府的清廉，任用贤能的官员，镇压宦官，勤政爱民，提倡节俭，人民安居乐业，这是明朝历史上少有的经济繁荣与和平时期。这段历史被称为"弘治中兴"。
其中，孝宗朱佑樘是明朝仅有的几个"正常"皇帝之一，他是明朝中期唯一鼓励善政的明君。朱佑樘的政绩斐然，但最令人感动的是他的宽厚仁慈，无论对待谁，甚至对待敌人。
朱佑樘登基后，万贵妃有一个弟弟叫万喜，作恶多端。朱佑樘按照当时的法律对万喜进行了审查和监禁，然后又依法释放了万喜。朱佑樘很清楚，万贵妃在他刚出生时就派人杀了他，在他6岁时就杀了他的母亲，在他被立为太子后，还受到万贵妃的排挤和陷害。
作为一个皇帝，他一生没有享过什么福，却遭受了许多罪过和无数的恶性伤害，但最后他选择了无私的宽恕。这就是一个睿智的皇帝的胸怀和气度！
明孝宗朱祐樘：史上最完美的皇帝
另外，早朝时，有的大臣因为地滑，走路不听使唤，孝宗从不问罪；奏本上有错别字也不改问；经筵上说话人不听使唤，他也安慰几句，不使他们惊慌。
为了方便地方官员夜归，孝宗还亲自下了一道旨意，命令以后官员在京城夜归时，无论职位高低，都要命人提灯。如果遇到这样的仁君，即使被杀了，也不后悔!
但作为一个皇帝，要想一点缺点都没有，那是绝对不可能的。即使是孝宗朱佑樘这位明主，也做过不少糊涂事，比如宠信宦官李广，对一些大臣的不法行为过于宽容，热衷于节操修养，弘治中期甚至连续几年懒于朝政，等等。
但这些丝毫不能掩盖朱佑樘作为一代明君的光辉形象，而这些现象在弘治后期得到了根本性的改变。
在他生命的最后几年里，朝中正直的大臣们不断发挥谏言，朱佑樘开始不断反思自己以前的所作所为，并对自己所做的那些糊涂事深感后悔。于是朱佑樘开始整顿朝政，他不顾自己的身体，日夜操劳，但高强度的工作也彻底拖垮了他的身体，才三十岁的他就已经病入膏肓，奄奄一息。
但他仍像往常一样努力工作，毫不在意自己日益恶化的健康状况。最终他用自己的努力使王朝越来越好，"弘治中兴"也攀上了高峰，但此时，朱佑樘的身体已经撑不住了。
弘治十八年（1505年）五月，年仅36岁的朱佑樘因病去世。孝宗死后，"深山穷谷，闻者皆丧"，"哭声震野"。在整个弘治朝，没有权臣、宦官和后宫专政，也很少有弊政。
明孝宗朱祐樘
