从南朝到隋唐的嬗变中，昭明太子的曾孙萧瑀，在为萧氏的发展和在政坛上的重新崛起中，扮演了极为重要而又特殊的角色，他上承南朝皇族萧氏，下启隋唐宰相萧氏。萧瑀(574～648)，字时文，梁武帝萧衍是其高祖，曾祖是昭明太子萧统，祖萧詧，后梁宣帝，父萧岿，后梁孝文帝。皇家血统的特殊身份使萧瑀在以后的政坛上受益匪浅。
唐朝中兴第一人宋国公萧瑀
移居长安
开皇二年(582)，隋文帝纳后梁皇帝萧岿之女为晋王妃。文帝这一做法，除了政治动因外，还有出于门第的考虑。当时的婚姻讲求门第。杨氏是新皇室，萧家是旧皇族；杨氏是关陇贵族，而萧氏则是南方的侨姓世家大族，两个家族门当户对。萧、梁联姻是南北关系史上的一件大事，对萧氏家族在隋唐时期的发展有着重大的影响。
隋文帝先是派使者到江陵去择王妃，使者对萧岿的女儿逐一占，生辰八字都不合。萧岿又把寄养在内弟张轲家的一女儿喊来，让使者占，结果大吉，于是就把她册封为王妃，这就是后来的隋炀帝萧皇后。萧皇后约生于后梁天保五年(566)阴历二月，按照江南的习俗，二月出生的女儿不祥，便寄养在六叔父萧岌家里。但是不久，萧岌夫妻先后去世，又转养到舅父张轲家。张轲家境甚为贫寒，萧皇后须亲自参加劳作，吃了不少苦。但她毕竟是皇家公主，长大后受到良好的教育。此时的她端庄秀丽、温文娴淑，很有才学。
在迎亲、送亲的队伍护送下，晋王妃由江陵出发，奔赴长安。在送亲的队伍中有一个幼童，随同到达长安，此时他年仅九岁，却已非同一般，举止落落大方，从言语中绝对听不出他是一个乳臭未干的孩童。他就是已被封为新安王、后梁孝文帝萧岿的第八子--萧瑀。萧岿及其夫人怜惜女儿年幼(十七岁)，初次远离家门，恐其孤独思家，便让年纪最小却善解人意的萧瑀随姐姐一同前往长安。长安城的宏伟，宫殿的巍峨，京城的繁华，绝非江陵可比，使萧瑀和姐姐大开眼界。
晋王杨广，是隋文帝的第二子，时年十四岁，小王妃三岁，却也聪明伶俐，风流倜傥，一表人才。年幼的他已被授予武卫大将军、上柱国、河北道行台尚书令等职。晋王的母亲独孤皇后是独孤信之女，在诸子中，文帝和独孤皇后特别钟爱晋王。萧王妃的到来，为皇室家族增添了喜悦。文帝见王妃温文尔雅、知书达理，十分高兴。晋王杨广一见王妃便既喜爱又敬重。
女儿远嫁、幼子远离，使孝文帝萧岿放心不下。于是，在次年五月，萧岿就委派太子萧琮--王妃的哥哥来到长安，一则代父看望妹妹和弟弟萧瑀，二则祝贺隋迁都新城。开皇四年(584)正月，萧岿又亲自来长安朝见隋文帝，看望女儿、儿子。在长安，萧岿穿着端庄，举止优雅，不失天子风度，令隋帝瞩目，使百官惊叹。无形之中，提高了王妃在百官心目中的地位。二月，萧岿要回江陵，隋文帝亲自送行，在灞上设宴饯别。这是晋王妃和弟弟萧瑀与父亲最后一次话别。开皇五年(585)五月，萧岿病逝于江陵，年仅四十四岁。守孝期满后，后梁新继位皇帝萧琮率其朝臣和皇室成员二百多人，奉隋文帝之命，来到长安。留守江陵的萧琮叔父萧岩和三哥萧瓛献投降了陈朝。消息传到长安，隋文帝愤怒异常，决定夷平后梁，便废除后梁国号，降封萧琮为公，并把他扣留在京城。对晋王妃和萧瑀来说，虽然身边多了个亲哥哥，但自己的故国、家园没有了，叔父萧岩和三哥萧瓛也成了朝廷通缉的对象，这对他们来说是个莫大的耻辱与痛苦，内心的伤痛是不言而喻的，从此他们失去了家的依托，京城长安成了他们惟一的栖身之所。
隋不见用
长期身处京城，再加上特殊的身份，萧瑀接触到的人事愈多，见识也愈加地广泛。萧瑀不但天资聪明，而且勤奋好学，一点即通。待到萧瑀成年后，已是一个小有名气的文人，在文学、诗词、哲学上均有一定的造诣。据《旧唐书·萧瑀传》记载，萧瑀经常研读刘孝标的《辩命论》，不久便发现其中的不足，"伤先王之教，迷性命之理"，诡辩不经，便创作一篇《非辩命论》来补阙纠谬。大体意思是说："人禀天地而生谓之命，吉凶祸福则在于个人。刘孝标将其全部归结于命，不是先王所传的主旨。"晋王府的通儒柳顾言、诸葛颖看到后称赞地说："萧君此论，足疗刘子膏肓。"
开皇八年(588)十一月，隋文帝下决心灭掉陈朝，统一天下，任命晋王杨广为全军统帅，以秦王杨俊、清河公杨素为元帅，进击南陈。九年(589)正月，隋朝大将贺若弼、韩擒虎分别自广陵、采石渡江进攻建康。至二月，陈朝被灭，晋王杨广班师。杨广在灭陈战役中立有大功，为其夺取皇位奠定了基础。隋开皇二十年(600)，隋文帝杨坚废太子杨勇为庶人，册立晋王杨广为东宫太子，晋王妃萧氏为太子妃。杨广被立为新太子后，萧氏家族的命运也因此而开始发生变化。萧瑀被召入东宫，授右千牛。右千牛是太子府的带刀近身侍卫，从七品。仁寿四年(604)七月，隋文帝崩于大宝殿，太子杨广即皇帝位。萧妃，因仁慈爱人，能修妇道，立为皇后。
晋王继位，晋王妃被立为皇后后，萧氏一族成为当朝外戚，甚受器重。萧瑀频迁尚书奉御、检校左翊卫鹰扬郎将。左翊卫鹰扬郎将是统领皇帝近卫军的中高级官职。萧琮，官拜内史令，改封梁公。内史令是内史省的长官，内史省为隋朝中央最高的决策机构，其长官为宰相之一。
作为后梁的君主、萧氏的核心人物萧琮，虽被任用为宰相，但其性情淡雅，倜傥不羁，不愿被俗务缠身，平时纵情酗酒。其实，萧琮内心仍未忘记自己曾是一国之君，还保持着昔日帝王的清高与傲骨，对于内史令一职，他根本就没有放在眼里。在隋朝名门权贵面前，萧琮也从不奉迎送请，更不肯与他们同俦，这必然遭到当朝权贵的嫉恨。光禄大夫贺若弼依仗在平陈战役中功高劳苦，时常忤逆炀帝，遭到炀帝的嫉恨。萧琮与贺若弼友善，后来炀帝借口要诛杀贺若弼，萧琮极力营救，遂遭到炀帝的猜忌。贺若弼被诛后，谣言盛传："萧萧亦复起。"炀帝疑忌萧琮更重，不久罢去萧琮内史令之职。萧琮十分无奈，委屈中含愤而死。
家中频频遭遇不测，父亲、叔父、长兄、三哥先后离去，对于刚人而立之年的萧瑀来说刺激太大。长期抑郁、愤懑的他在长兄去世后不久便得了风疾，却不让家人请医问药，并且说："如果老天让我活着，也只不过是让我多活几年，又有何意呢?不如现在死了罢了!"萧皇后得知后，非常难过，强忍痛楚教诲萧瑀说："以你的才智，足可以扬名天下，光耀家门，岂可以毁坏自己的身心以求隐退!自家亡国破以来，你不甘心居任小官，而发狂言怪语，这样怎能对得起列祖列宗，不肖子孙，罪不可赦!"在萧皇后的劝勉下，萧瑀病愈后又积极进取，炀帝委以机要之职，加银青光禄大夫、内史侍郎等官爵。但萧瑀秉性端正耿直，性情刚烈，炀帝做一些无道的事，萧瑀屡次劝谏忤旨，于是渐渐被炀帝疏远，有时甚至遭到斥责，在献计解雁门之围后仍遭到不平等的待遇就体现了炀帝对他已是很不信任了。十一年(615)八月，炀帝出塞北巡。始毕可汗率领几十万骑兵准备袭击炀帝的车驾，炀帝得义成公主密报后，迅速驰入雁门城(郡治雁门，今山西代县)，齐王杨嗦也率后军进入崞县(今山西原平北崞阳镇)。始毕可汗率大军追击，将雁门郡的四十一座城池攻陷了三十九座，仅余雁门、崞县两城。突厥围攻雁门，雁门守军仅一点七万人，粮草也仅够维持二十天，形势十分危急。这时萧瑀献计向义成公主求救，他说："从前汉高祖解平城之围，依靠阏氏，更何况现在的义成公主是帝室之女。向她求救，即使帮不上忙，也不会有多大的损失。我又听下人们说，士卒们都顾虑怕陛下您打败突厥后，又去攻打辽东，所以人心不一，作战不力。为今之计，下诏赦免高丽并保证以后不再对它用兵，同时用高官重赏来激励士卒，这样或许可解雁门之围。"炀帝接受了萧瑀的建议，还亲自巡视部队，隋军士气大增，奋勇抵抗，虽死伤惨重，仍力保城池不失。同时，炀帝下诏征发各地隋军火速来援。突厥久攻不下，探知东都和各郡的援军已到达忻口(今山西忻县北)，又得义成公主北边有急的谎报，于九月撤围北走。隋军追至马邑，俘突厥老弱二千人后撤还。
但是炀帝孤意征讨辽东，又恐萧瑀从中阻挠，动摇军心，就对群臣说："突厥有何能耐，萧瑀如此怕他们，并利用他们来要挟我，萧瑀罪不可赦。"把萧瑀贬为河池郡(治今陕西凤县)守，即日赴任。在河池郡守任上，萧瑀招募乡勇，擒山贼，击薛举，政廉狱平，郡中大治。
大业十二年(616)，天下已经大乱，而隋炀帝仍大兴土木，修建离宫，督造龙舟，准备再度下江南，游江都(今江苏扬州)。炀帝每次出游，萧皇后都要跟随。皇后见炀帝失德，却又不敢直面劝谏，内心异常痛苦，遂作《述志赋》以明心迹。
不久李渊率兵入关，占领长安，立杨侑为帝，自己为唐王。李渊以书信邀请萧瑀进京，并授予他光禄大夫，拜封宋国公，任民部尚书，掌重职。这样，在萧瑀的政治生涯中又揭开了新的一页。
开国宰相
大业十四年(618)三月，隋炀帝被杀于扬州。五月，唐王李渊即帝位于长安太极殿，改元武德。六月，以李世民为尚书令，裴寂为右仆射、知政事，刘文静任纳言(后改称侍中)，萧瑀、窦威任内史令(后改称中书令)。这就是李渊建唐后最早任命的五位宰相。
唐初官制，沿用隋制，在中央设立尚书、中书(隋称内史)、门下三省。尚书省主管行政，总领百官，长官为尚书令，另设左、右仆射各一人，为尚书令之副，尚书省下设吏、户(隋日民)、礼、兵、刑、工六部。初期，李世民虽为尚书令，却整日统兵征战，无暇顾及政事，也并不履行尚书之责，只是兼领，尚书的大部分职责实际上由裴寂行使。中书省掌国家政令，佐天子而执大政，长官为中书令，凡诏旨敕制玺书册命等均由中书省依典故起草。初萧瑀与窦威任内史令，不久，窦威病死，朝廷也未再选人补此空缺，掌中书令之职的只有萧瑀一人。门下省掌出纳王命，总典吏职，赞相礼仪，佐天子而统大政，与中书省共同总理军国之务，长官为侍中，门下侍郎为侍中之副。刘文静任侍中，但不久便死于初唐的党争之中。在诸相中，又以尚书令的地位最高，权力也最大，也正因为此，自隋初三省制确立以来，尚书令之职便不常设。这样看来，唐初尚书令、侍中与中书令共五人同为宰相，但在中央真正行使相权的只是裴寂和萧瑀二人而已。
自武德元年(618)六月至六年(623)四月，萧瑀任中书令长达五年之久。此时唐朝帝业初建，制度未备，天下未宁，国事繁重。高祖李渊无暇兼顾，见萧瑀耿直任劳，堪大任，有才干，善文章，便委以重任。凡朝中政务，高祖无力应付的多委托给萧瑀；典章制度的起草，朝廷礼仪的制定也由萧瑀主持。萧瑀孜孜不倦，股肱唐室，办起事来井井有条、不遗余力。他不畏权贵，敢于纠正谬误，检举过失，百官都忌惮他。由此萧瑀深得高祖欣赏，每临轩听政，高祖必定让萧瑀坐在御榻上，并亲切地称呼他_萧郎"。在武德年间，他先后上奏合乎时令、具有实效的建议数十条，且多被采用。因此，李渊赐金一函，并表彰他说："得公之言，社稷所赖。运智者之策，以能成人之美；纳谏者之言，以金宝酬其德。今赐金一函，以报智者，勿为推退。"萧瑀坚决推辞不肯接受，高祖优诏不许。
偶尔，萧瑀所办之事也有一时不能让高祖满意的。高祖常有诏敕制书，下到中书省后被扣押，不能及时宣布推行。李渊深为不满，责备萧瑀办事拖沓。萧瑀却说："臣于隋大业年间，在内史省任职，宣布诏令时，常常会发现有的诏令前后相抵牾，执行起来，不知所从。因此就会出现诏令发布容易，执行困难的情况。如今皇基初建，所谓牵一发而动全身，国家的安危、社稷的稳定全部系于诏令之上。所以臣每接受一道敕诏，一定要仔细勘察核审一番，使其和前面诏敕的内容不冲突，然后才敢宣行，所以有时颁布地较为缓慢。但臣认为，总体上而言，这样做可以达到事半功倍的效果。"李渊听后称赞地说："爱卿能如此尽心，我还有什么好忧虑的呢?"
武德三年(620)七月，高祖诏秦王李世民督率诸军东击王世充，围攻洛阳，萧瑀随军参与了这次战役。四年(621)五月，擒窦建德、降王世充，平定关东。作战前夕，主要作战方案的制定，萧璃都亲自参与商讨；作战期间，萧瑀又为秦王就具体问题出谋划策，深受李世民赏识。攻陷洛阳后，萧瑀等人封府库，收金帛，颁赐将士。事后，萧瑀以参谋之功，加邑二千户，拜右仆射。
唐朝统一天下后，萧瑀由决策转为总领百官，主管政务，李渊还把考核朝廷内外官吏政绩的重任也交给了他。考核百官政绩，涉及到对百官的提拔和降黜，这一职位相当重要，要求长官秉公考核，依律办事。萧瑀耿直自重，持法严厉，有时也比较固执，因此常常会遭到非议。
鼎助太宗
随着统一战争的不断胜利和唐王朝统治秩序的最终确立，秦王府与东宫两大政治集团逐渐形成，并展开了激烈的夺权斗争。随着矛盾的激化，秦王李世民与太子李建成为夺取皇位的斗争由幕后走向前台，由隐蔽走向公开，终于导致了玄武门之变的发生。围绕着秦府和宫府，在外廷中形成了两大集团，一派支持太子李建成，另一派则支持秦王李世民。
当秦王与太子斗争最为激烈时，出任宰相之职，在朝中掌有大权的共四位，即裴寂、萧瑀、陈叔达和封德彝。裴寂公开支持太子李建成。封德彝曾跟随李世民东讨西战，特别是在征伐王世充时，出谋划策，出了不少力，深得李世民的宠信；但是封德彝这个人见风使舵，身在曹营心在汉，表面上为李世民出主意对付东宫，私下里又为李建成效命，出卖李世民，直到封德彝死后数年，李世民方知其事。事实上，只有萧瑀和陈叔达等人支持李世民。武德六年(623)前后，高祖李渊有废立之心，但犹豫不决。这时李世民不为兄弟所容，处处受到牵制和监视，时常还被太子的人在高祖面前打小报告，形势对李世民很是不利，李世民备感苦恼郁闷。在这关键时刻，萧瑀从精神和实际行动上给李世民以支持，在宫殿上与太子一派针锋相对，为李世民据理力争。虽然，最终未能使高祖痛下改立太子的决心，但在很大程度上为李世民夺权制造了舆论和精神力量。
武德九年(626)7月，斗争达到了白炽化，玄武门之变在充分酝酿之后爆发了，李世民擒杀了太子李建成和齐王李元吉，最终登上了皇帝的宝座。在你死我活的政治斗争中，骨肉之亲的温情面纱被撕得粉碎。作为一个雄心勃发、有勇有谋、开明有为的政治家，李世民的夺权无疑是值得肯定的。萧瑀，这位初唐开国宰相，在秦王与太子的斗争中，始终保持着清醒的头脑，他支持、希望李世民继位，完全不是出于一己之利，而是从大局出发作出的慎重选择。因为在这期间，太子也曾拉拢、要挟过他，却被他谢绝了，在他眼里太子优柔寡断，与秦王相比不是干大事、担大任的合适人选，所以即使在对秦王最为不利的时刻，他也毫未动摇过。从这件事背后折射出一位经验丰富的政治家敏锐的洞察力和超人的坚毅力。我们不得不由衷地佩服萧瑀，接下来发生的一切完全证明了他的推测，这就是太宗李世民励精图治下的太平盛世--贞观之治。
两个月后，高祖李渊发诏全国、退位让贤，李世民即皇位于显德殿，开始亲政。事情的进展并不像想象中的那样顺利，李世民一当政便遇到了一个让他头疼的大难题：如何对待和使用武德时期的宰相班子?如何使这个以高祖为中心的中枢机构变成以自己为中心的、完全听命于己的官僚机构?这两个问题不解决，就不能证明夺权的最终胜利，更不能从根本上赢得天下人的信任与支持。如果是这样的话，那么以前所有的努力都将是徒劳的，已经到手的政权还有可能再度失去。这个严重的问题困扰着新当权的李世民及其亲信。
于是，经过精心的策划后，新皇帝迅速对原宰相班子进行了调整和改造。事情进展得很顺利，因为早在李世民被策立为太子后，已经敏感地意识到这个问题，并初步开始着手解决这一问题。当时，高祖有淡出、退位之心，有意培养新太子李世民，军国大事，无论大小都交给李世民处决。李世民在处理政务时发现，高祖的宰相班子并不能全力配合，有的甚至故意推诿。于是，李世民便以秦王府属僚为主干组建了一支东宫官属机构，它已初步具备了贞观初年宰相班子的雏形，此次改革调整就是以这个东宫官署为基础展开的。
年底，新的宰相班子建立。高士廉为侍中，房玄龄为中书令，萧瑀为尚书左仆射等。这次中枢机构人员调整，原有的人员几乎全部换掉，萧瑀非但仍在其中，且职权更大。这从另一面反映了萧瑀的政治才干和在帮助秦王夺权斗争中功劳之大。
四落四起
在唐太宗李世民当政时期，中国社会进入了历史上少有的盛世--贞观之治。一说到贞观的大功臣们，大家都会不约而同地想到房玄龄、杜如晦，而其中一个极为重要的人物往往被大家所忽略，他就是萧瑀。这时萧瑀已五十余岁，正当人生政治生涯的黄金时期。然而，对于萧瑀来说，并非如此。在这一时期，他时迁时降、时罢时起，很不稳定。究其根本，与萧瑀的性格不无关系。
萧瑀生性耿直、嫉恶如仇、不畏任何势力，这是他性格的优点，但也是他的缺点。他过分地善恶分明，一是一，二是二，在他眼里决容不下半粒沙子。更为糟糕的是，他讲话、做事不会、也不大注意运用技巧，结果他得罪了很多人。在乱世，或者一个初建的社会也许会需要这样的人才，在盛世、太平之世，这种人才就显得有点过时了。因为一切都是按既定的方针运转，如同一台正常工作的机器，操作者只需将开关一拨便可了事，剩下的工作则由机器本身来完成；如果操作者不安分守已、过于勤快，在一旁指手画脚，既嫌机器有噪音，又嫌机器运转得慢，制造出来的产品质量不高，这样的话只有改造机器，甚或更换一台新机器，自然工作就要停止，对于一个没有多少资本、想迅速赚钱的老板来说，停止工作就是要他停止赚钱，这样的建议他能接受吗?社会刚步入正轨，并且在原有的治理方针下正朝着日益良好的态势发展，这时治理者当然不愿意有人出来说三道四，妨碍正常的秩序，如果不以正常为前提，即便富于建设性的提议也不会被认可。而萧瑀往往自觉不自觉地充当了这个角色，不可避免地成为矛头所指、众矢之的。
贞观元年(627)，萧瑀任尚书左仆射，房玄龄、杜如晦新用事，得到太宗的宠幸，萧瑀与他们不和，房、杜便拉拢右仆射封伦，孤立萧瑀。封伦是萧瑀在高祖朝时推荐为中书令的，太宗即位，萧踽晋升为尚书左仆射，封伦升任右仆射。封伦一向阴险狡诈，本来与萧瑀商量好的事，等到萧瑀上奏，封伦又表示反对并故意刁难，连连数次，让他很是难堪。后来才知晓，封伦是受了房、杜的支持。萧瑀心中十分地不平衡，就在朝上把封伦和房、杜相互勾结的事和盘托出，言辞甚为激烈。但封伦与房、杜一口否认，并说萧踽有意陷害。萧瑀理屈词穷。太宗不能决，又亲幸房玄龄等，为平息纷争，遂牺牲萧瑀，罢免了他的一切职务。这是萧瑀的第一次遭黜。事后，太宗觉得对萧瑀有点过火，萧瑀毕竟是两朝功臣，功不可没。没过几日，太宗拜封萧瑀为特进、太子少师。六月，诏令太子少师萧瑀官复原职，再任尚书左仆射，特赐封邑六百户。通过这一件事，萧瑀尖锐的锋芒暂时有所收敛。但江山易改，本性难移，在当年年底的封建之争中，萧瑀又因言辞激烈，以"大不敬"罪被再度免官。
十二月的某一天，太宗萧瑀说："朕欲使子孙长久，社稷志安，应该怎么办?"萧瑀回答说："纵观历代兴废，臣发现国家能够长久的一个重要 原因在于分封宗族子弟，屏护中央。秦王兼并六国后，罢免王侯，设置郡守，至二世国家就灭亡了；汉王刘邦统一天下后，汲取秦亡的教训，郡县与封国并举，于是汉有天下四百余年。魏、晋已降，尽废封建之制，没见哪一代能长久的。从历史上看，推行封建，是大有益处的。"太宗觉得他说得非常有道理，下诏群臣上书议论分封固邦之事。魏徵与李百药极力反对。魏徵认为唐乘隋末大乱，民生凋敝，百业待兴，如果再施行封建，分割天下，国家会出现什么情况，很难预料。李百药则称帝王有没有天下和有天下之长短是命中注定的，和封建没有关系。颜师古赞成萧瑀，又认为不能给诸侯国太大的权力，诸侯国应与州县并举，互相支持。萧瑀力持己说，并因此与侍中陈叔达在殿上争吵了起来，声色甚厉，太宗屡次制止，均不见效，最后太宗恼怒到了极点，将奏章摔在了地上，并口谕同时摘去左仆射萧瑀与陈叔达的冠冕，以示惩戒。这是萧踽第二次被免官。
十二月底，朝廷授萧瑀为晋州都督。晋州是李唐皇室发祥地，地位非常特殊且重要，萧瑀被免官后再度出任晋州都督，说明太宗李世民有意给他改过自新的机会。贞观二年(628)，复授萧瑀左光禄大夫，兼领御史大夫，与宰臣参议朝政。御史大夫负责监察百官，非清廉正直之人莫属。但萧瑀执法过于严厉，有时甚至偏于法，倔强不知变通，这时房玄龄、魏徵、温彦博等人就会给予裁正，萧瑀的做法也常受到太宗的批评，萧瑀想不通按照法律办事会有什么过错。
萧瑀观察事物较为准确，且口才好，善于辞辩，每有评议，房玄龄等人都不是对手。他们心里也认为萧瑀说得对，但就是不肯堂而皇之地表示赞成。萧瑀心里快快不乐。有一次，房玄龄、魏徵、温彦博等人同时犯了一些小错误。作为御史大夫，萧瑀有检举、弹劾他们的责任。但法不责众，太宗不能将大部分人都治罪，更何况这几个人都是他的宠臣。萧瑀连连数次弹劾他们，太宗都无动手衷，最后太宗烦了，就不再理会他。萧瑀非常生气，认为太宗执法不公、有意袒护，心里想：既然给我监察百官的权力，你就应该尊重我的权力，我行使了权力，查处了官员的过错，你就应该惩治，不然我的监察有何价值，御史大夫的存在又有何意义。对太宗的做法十分不满，久之就以身试法，也故意犯错误，看皇帝如何处置。太宗知晓后，觉得萧瑀不知趣，做的太过火了，就罢去萧瑀御史大夫的官职，让他担任太子少傅，不再参与讨论朝政。
这一次可能太宗真的恼火了，一连4年都不再授予萧瑀有实权的官职，直到贞观六年(632)，才重授特进(正二品)，行太常卿之职。八年(634)，再迁为河南道巡省大使，但不久又因执法过严导致人命，而被再度免职。九年(635)，拜特进，再次准许萧瑀参与政事。
太宗经常批评萧瑀说："善恶太明，有时也会有失。"屡屡以降职免官的手段来惩罚他，希望他能稍微降低标准，不要过分责备求全。对于为何不惩戒房玄龄等人的过失，太宗是这样回答的："作人君的，任用英才，应推心置腹地对待他们。孔夫子尚有过，况凡人乎?有一点小过失就废弃他们，不是太严重了吗?"还说："知臣莫若君，对人臣不可求全责备，应当舍其短而用其长。"萧瑀为人耿直，对太宗忠心不二，太宗曾称赞他说："爱卿守道耿介，古人没有能超过你的。"所以太宗用而不废，虽然屡次罢免他，随后都又能给他恢复原职。而且太宗对萧瑀当年给予他的支持，始终念念不忘。他常对房玄龄等大臣们说："武德六年以后，太上皇有废立之心而犹豫不定，朕当时不为兄弟所容，很担心有功劳而得不到赏赐。萧爱卿没有被重利所诱，也没有向刑戮屈服，始终忠心地支持着朕，真是社稷之臣啊。"因赐萧瑀五言诗一首：
疾风知劲草，版荡识诚臣。勇夫安知义，智者必怀仁。足见其对萧瑀的赏识和评价之高。
贞观十七年(643)，唐太宗命绘制功臣图像悬挂于凌烟阁，让世人及后代永远纪念他们。被绘像的包括功高的宰辅、大臣以及侯王共二十四人。他们是：赵国公长孙无忌、赵郡元王李孝恭、莱国公杜如晦、郑国公魏徵、梁国公房玄龄、申国公高士廉、鄂国公尉迟敬德、卫国公李靖、宋国公萧瑀、褒国公段志玄、夔国公刘弘基、蒋国公屈突通、郧节公殷开山、谯国公柴绍、邳国公长孙顺德、郧国公张亮、陈国公侯君集、郯国公张公谨、鲁国公程知节、永兴公虞世南、渝国公刘政会、莒国公唐俭、英国公李世勋、胡国公秦叔宝。他们或是参加晋阳起兵的开国元勋、或是开疆拓土的统帅、或是玄武门之变中的功臣、或是一代经学大师。萧瑀作为功臣之一，与其他著名大臣比肩而立，这是莫大的荣誉。
这年四月，诏立晋王李治为皇太子，以长孙无忌为太子太师，房玄龄为太傅，萧瑀为太保，李世勋为詹事。萧瑀、李世勋并同中书门下三品。同中书门下三品，就是宰相。东宫三师，都是从一品官员，并且没有高尚的道德是不能占据这一位子的。三师还受到特殊的礼遇：三师谒见太子，太子应出门迎接参拜；太子至师傅家门口，师傅让进才能进；师傅坐下后，太子才能人坐。
贞观十九年(645)，唐太宗亲自率兵伐辽东。他让房玄龄留在京城，处理全国的日常政务，并可以随机行事，不必奏请。萧瑀留守洛阳，为洛阳宫守。洛阳地处冲要，襟带关、河，无论从政治、经济，还是从军事等方面看，它所处的地理位置都非常重要。当时的南北大运河是以洛阳为中心，向南可以沟通经济富庶的江淮地区，向北则直通幽州。幽州是伐辽东的军事基地，而洛阳则是进攻辽东的大后方和物资供应基地。这里集中了大量的军用物资和粮食等，可通过永济渠运到前线。这样的一个重要交通枢纽，就需要有人进行全面的管理和调控，以保证前线的物资供应。萧瑀成了唐太宗心目中的最佳人选，很荣幸地担任了这一差使。九月，唐太宗很顺利地攻下了辽东，率军凯旋而归。
佞信佛教
萧瑀同其高祖萧衍一样，崇奉佛教。武德九年(626)四月，太史令傅奕上疏李渊请求废除佛法、抑制佛教。傅奕，隋唐之际著名的学者，精通天文、历法。傅奕主张反佛，他从政治、经济、思想、伦理、风俗等方面全面地揭露了佛教的危害。其反佛主张主要有四点：第一，佛教是外来宗教，佛教经典为妖书、邪法，其传人后，破坏了原来的统治秩序；第二，佛徒削发出家，"人家破家，入国破国"，是弃君、弃父不忠不孝之徒，背离了儒家忠孝思想和伦理道德；第三，佛教徒游手游食，易服以逃避租赋，佛寺与政府争夺劳动力，影响国家财政收入；第四，佛教讲究祸报，但却于事无验。傅奕的反佛言论一出，时任中书令、佞信佛教的萧瑀就与他展开了激烈的辩论。萧瑀认为："佛是圣人。傅奕反佛，非圣无法，应该处以严刑。"傅奕严厉地驳斥说："礼源于事亲，成于事君，这样忠孝之礼方能显现，臣子之行才得以完成。佛教徒削发为僧，舍弃君父，以匹夫抗天子，以继体悖所亲。萧瑀你并非出于空桑，却遵此无父之教。臣听说不孝者无亲，这不就是说的萧瑀吗?"萧瑀被驳得哑口无言，只好合掌说："地狱所造，正为此人。"李渊基本上接受了傅奕抑佛主张，但不久玄武门之变发生，李渊让位于世民，其抑佛措施未及施行。
唐太宗生活在佛教兴盛的年代，认识到佛教在社会上的影响，对傅奕的全面抑佛主张持有怀疑态度。但对佛教给政治带来的危窘，唐太宗有着较为深刻地认识。作为一个有作为的君主，太宗所关心的是唐代政治，至于佛教只是一种工具而已。所以为了政治的需要，对佛教放之任之，也并无过错。他知道萧瑀崇佛，曾赏赐萧瑀刺绣的佛像一尊，佛像旁还镶有萧瑀的图像。又赐书法家王褒所书《大品般若经》一部，并赐袈裟，为其讲佛诵经时所穿。但是，当萧瑀的佞佛与政治发生冲突时，太宗也毫不手软，给予严厉惩治。
贞观二十年(646)，萧瑀请求出家，太宗回答说："朕知道爱卿一向喜爱、信仰佛教，现在也不违背你的意愿了。"但是萧瑀很快又回奏说："臣刚才思量了一下，还是不能出家。"也许，萧瑀思量不能丢下朝廷社稷，其用心仍是好的。但是太宗已在群臣面前表了态，萧瑀言行不一，根本没把他天子放在眼里，心中愤怒久久难平。九月，萧瑀称有脚病，不去拜见太宗，太宗大怒，对侍臣说："萧瑀难道是没有得到他的归宿吗，竟然嫌怨到了这地．197"于是亲手写诏，指斥萧瑀，把萧瑀高祖萧衍穷心崇佛，导致社稷灭亡的事都端了出来。不仅罢了他的相位，贬出京城，而且还免除了他的封爵和食邑。萧瑀以信佛为由严重干扰了政治游戏，太宗当然无法再容忍下去。
相对于前几次大起大落而言，这次也许较严重了些，连封爵、食邑也被剥夺了。已届暮年的老臣再次受到这样沉重的打击，心里难受极了。太宗很快意识到如此对待功臣有失公允，和历史上的暴君、昏君又有何区别?贞观二十一年(647)，太宗立刻下诏，把萧瑀召回京城，授金紫光禄大夫，复封宋国公，并让他跟随自己到玉华宫休养。所谓"金紫"，即光禄大夫加金印、紫绶，为正三品官阶。
福祉子孙
如此大的反差，一悲一喜，来得如此快，去的又是如此匆匆，风烛之年的萧瑀已经不起这样的折腾。第二年三月，一个他再也承受不了的噩耗传来，萧皇后，八十二岁的姐姐撒手西去。没过多久，萧瑀突然发病，六月逝世于玉华宫，终年七十四岁。太宗闻讯后停止了用膳，高宗致哀，并遣使吊祭。礼仪官太常赠谥号"肃"，太宗认为萧瑀一生耿直不枉，但"性多猜贰"，改谥"贞褊"，诏赠司空、荆州都督，赐东园秘器，陪葬昭陵。
萧瑀临终前留有遗书一封，认为"生而必死，理之常分"，他要求诸子办理丧事，一切从俭，以为后世树立榜样。
萧瑀病逝一个月后，房玄龄也病故于玉华宫，贞观二午三年(649)五月，唐太宗驾崩于含风殿，"贞观之治"至此落下帷幕。萧瑀在唐朝政治生涯中，几乎与武德、贞观两朝相始终，贞观年间，五遭罢相，但皆以端正鲠亮、不徇私情而屡罢屡起。
萧瑀有三子，长子萧锐历任太常卿、汾州刺史等官，父死后，继承其爵位和食邑。萧锐为太宗女婿，娶襄城公主为妻。襄城公主性格文雅，知书达理，能谨守孝道。太宗想为萧锐与公主别建住所，但公主推辞说："妇人侍奉公婆要如同侍奉父母一样，如果分居，侍奉公婆非常不便，即为不孝。"太宗诏令诸公主都要以襄城公主为楷模。次子萧锴，虞部郎中；三子萧钺，给事中。其孙有四人，萧守道；其中萧守业，卫州刺史；萧守规，简州司马,夫人河东柳氏；萧恕，虢州刺史，后赠工部尚书。曾孙三人：萧籍，襄州刺史；萧沔，剑南西川行军司马，兼御史中丞；萧定。玄孙：萧建，黔中观察使。
萧定(708～784)，字梅臣。萧定初荫授陕州参军，后迁金城县丞，理政以清廉干练而闻名。累迁侍御史、考功员外郎、左司、右司郎中。后遭宰相元载排挤，历任秘书少监、袁州、信州、湖州、宋州、睦州、润州等州刺史。唐代宗大历年间(766～779)，朝廷考核天下州郡长官政绩，他与常州刺史萧复、毫州刺史张镒并列第一。后萧定再以勤农桑、均赋税，捕亡归复，户口增加，获冠，升户部侍郎、太常卿。唐建中四年(783)冬，朱批叛乱，萧定改名换姓，躲匿里间间。乱平，回京旌擢，任太子少师。唐兴元元年(784)病卒，享年七十七岁，赠太子太师，列为良吏。
此后，在萧氏家族中最兴旺的是萧岿的后裔，特别是萧珣之子萧钧的后裔，人才济济，自其孙萧嵩始，有唐一代共有七人任宰相。
萧瑀
