隋文帝建立的朝政机构，是尚书、门下、内史三省，其长官分别为尚书仆射、纳言和内史令，但隋代的三省职权并不平衡，尚书省是其运转的核心，所谓“朝之众务，总归于台阁，尚书省事无不总”。隋文帝时期的尚书省下设吏部、礼部、兵部、都官（开皇三年改刑部）、度支（开皇三年改民部）、工部六曹，其长官六曹尚书，与左右仆射共称为八座，其下分辖三十六个侍郎，负责朝廷日常行政事务，是为隋皇朝的最高政务机构。
1、隋代朝廷官制的结构
隋文帝时期的朝廷官制还建有秘书省和内侍省。秘书省以秘书监、丞为长官，下设秘书部、校书郎等职，负责皇室图书文籍。内侍省，以内侍为长官，下设内给事、内谒者监等职，负责皇帝的饮食起居。这两个机构虽也称省，但其地位与权力都远不能与尚书、中书、门下三省相比，实际上是皇室宫廷机构。隋代同样按照三国两晋以来的惯例，设置御史台作为朝廷监察机构，以御史大夫为长官，下设治书侍御史、待御史、殿内侍御史和监察御史二人至十二人。但御史大夫在隋代权势很大，往往参与朝廷决策。如裴蕴在炀帝时任御史大夫，“与裴矩、虞世基参掌机密”。
除了朝廷政务及监察机构的设置外，隋文帝时，仍然沿袭汉魏以来传统，设置诸寺作为朝廷事务机构，以具体执行诏令决策。它们包括太常、光禄、卫尉、宗正、太仆、大理、鸿胪、司农、太府、国子，将作十一寺，每寺设置卿和少卿各一人作为正副长官，以下分设丞、主簿、录事等官职。国子寺长官则为祭酒，将作寺长官为大匠。
2、朝廷行政机构的运行与调整
从隋代朝廷官制的职权结构来划分，尚书、中书、门下三省，属于朝廷政务机构，负责决策与颁布政令。太常等十一寺，则属于朝廷事务机构，承接尚书省政令而具体执行。这一朝廷官制系统的出现，表明从秦汉以来的以丞相、太尉、御史大夫三公为皇朝决策机构、九卿为事务执行机构的传统权力格局向三省六部及寺监制的演变过程，终于在隋代最后确立和固定下来。正如《唐六典》所指出的：“三公，周汉以来代存其任，自隋文帝罢三公府僚，皇朝因之，但存其名位耳。”
隋朝的官僚制度：三省六部制与寺监制
不过，在隋代朝廷决策的过程中，由于隋文帝与隋炀帝的专权独断，三省的分工与运行并不正常。如隋文帝“勤于听受，百僚奏请，多有烦碎。……乃至营造细小之事，出给轻微之物，一日之内，酬答百司，乃至日旰忘食，夜分未寝”。实际上夺取了宰相的职权。
隋炀帝即位后，在大业三年（607）对朝官制度曾作调整。主要包括：在尚书省六部，改诸司侍郎为郎，并在六部各设侍郎一人，作为各部尚书的副手。在门下省，增设给事郎官职，负责“省读奏案”，位于黄门侍郎之下，同时废除散骑常侍以下官职。增设殿内省，负责皇帝和皇族的生活起居。同时改内侍省为长秋监，国子学为国子监，将作寺为将作监，分太府寺为少府监，加上原有的都水监，共为五监。增设谒者台、司隶台，与御史台共为三台，负责京城和地方的监察事务。隋炀帝对朝官制的调整，虽然涉及面广泛，但并未改变三省六部寺监制的行政权力分配和运行方式。
3、武官和东宫官
除了三省六部及诸寺监、御史台这一皇朝决策、执行、监察系统外，隋代朝官制还有武官和东宫官两个重要部分。
隋代的朝廷武官名称前后变化较大，隋炀帝时分为左右翊卫、左右骑尉、左右武卫、左右屯卫、左右御卫、左右候卫十二卫，每卫设置大将军一人，将军二人，作为全国府兵的统帅，将军之下设置郎将、长史、参军等官职。十二卫之外，另设置左右备身府和左右监门府，每府置郎将一人，统领宫廷卫士和守卫宫城、京城诸门。
隋代后期的东宫官职，主要包括门下坊、典书坊、家令寺、率更寺、仆寺二坊三寺。门下坊和典书坊分别设置左庶子、右庶子、舍人等官职，家令寺等三寺则设置丞、录事等官职，负责太子的生活起居及东宫文书等事务。此外，还设置左右侍率、左右武侍率、左右虞候率、左右内率、左右宫门将八率二将，负责太子的警卫。
