关于吴佩孚的死因，许多人认为是日本人所杀，比如郭剑林教授所著《吴佩孚大传》（天津大学出版社1991年版）即持这种看法。其基本依据是对吴佩孚后人的采访，但因吴氏后人当时年龄很小，且考虑到亲情因素，笔者认为这种说法不可靠。因此，笔者有意查阅吴佩孚的资料，欣喜发现台湾一家近代史研究所1994年出版、1960年至1961年对吴佩孚幕僚汪崇屏先生的采访纪录：《汪崇屏先生访问纪录》（大陆迄今未见征引，学界未予以重视），另参考港台、大陆等相关资料，笔者发现吴佩孚并非为日本人所杀。
1939年11月中旬的一天，吃饭的时候，吴佩孚对身边的幕僚们说：“牙齿出了毛病，镶的金叶子有点刮舌头。”大家说：“那换一个好了。”当天晚上，派人将镶牙师找来，因为这名镶牙师就是当初为吴镶牙的。
兴许吴佩孚是因为年龄老了的缘故，牙齿上有空洞，但并没有填补。一天，在他吃饺子时，不巧馅里面有碎骨头，正钳在牙齿的空洞里。吴佩孚是军人出身，当着这么多部下的面，尽管痛得厉害，眼泪都不由自主地流了出来，但还是强忍着，把饺子咽了下去。饭后，很快就找了一个日本人叫伊藤的来为他治疗，伊藤是镶牙的，没有什么政治背景，吴身边的人也找他镶过牙，认为很满意。12月2日，伊藤给吴将牙拔掉，但没有消毒，结果导致病菌侵入，晚上牙床就肿起来了。
章君毂著有《吴佩孚传》一书，该书先在台湾出版，后于1987年由新华出版社在大陆出版发行。该书在728页称：吴佩孚吃饭的时候是小石子卡了牙齿，又说为吴佩孚拔牙的东洋医生叫伊东，有政治背景，这种看法对后来的吴佩孚研究产生了重要影响。
所谓福无双至，祸不单行，吴佩孚牙床发炎后，又因为不小心出去没有戴帽子保暖，天寒地冻，天气十分寒冷，因此就又得了重感冒。那时，吴佩孚有一姓赵的中医，故而由他开了个药方子，先后吃了两服药，效果还不错，感觉都已经快好了。但不幸的是，吴的家人又将吴的老上司——曹锟的医生曹某请来治病，这位医生是有名的庸医，绰号“曹要命”，他草草开了方子，吴佩孚在晚上10点钟服药，刚过12点病况就迅速恶化了。吴佩孚之死，就死在这个江湖医生的手里。
服下曹某开的中药后，吴佩孚浑身发冷，可巧那天吴宅里的暖气又坏了，无论盖什么被子都不解决问题。到了凌晨两点多钟，人已经差不多完了，大家赶忙找来他的儿子——实际上是吴的过继侄子，准备后事。但到了凌晨5点钟后，吴佩孚的病情却又逐渐好起来了。第二天吴见到幕僚们说：“呵！昨天夜里险些死了。”当时吴身边的人大都反对再请“曹要命”来治病，但吴佩孚的夫人张氏非常相信他，因为他是曹锟的私人医生，想来总不会太差。“曹要命”又欺骗张夫人说：“再吃一服药就好了。”结果又吃了一服。这次的反应与上一次不同，不是发冷，而是发烧，将所有的窗户都打开，也丝毫不起作用。
病重乱投医。等吴的家人尤其是张夫人知晓“曹要命”医术不行时，又请了一名中医，但也毫无办法。后来赶忙将德国医院的德籍医生史蒂福斯请来，为吴检查后得知吴的白血球太少，情况非常危险，必须迅速输血，并移至德国医院施行手术。但到了那里后也只是打针用药，并没有依照他的诊断治疗，见此情形，大家都手忙脚乱了。之所以没有开刀、输血，与吴佩孚的反对有关。
此时已是12月3日的深夜。吴佩孚也感觉到自己大概是命将不保，所以先将亲信孙丹林找来，对他交代了一些后事，最后说到一封信，就不能再继续讲话了，故而要拿笔写字，但此时字也写不成了。幕僚们到后，四处找寻那封信，结果也没有找到。本来在北平一切事都由汪崇屏经手，但此信他丝毫也不知情。汪崇屏怀疑此信为日本人要吴出山的最后通牒，如吴佩孚再不屈服，就对其怎么不利。吴佩孚也许找秘书陈廷杰拟了一个稿，一并放在一个秘密的地方，在病重时就说不出来了。这封信后来再也没有找到，成了一个待解之谜。
12月4日早晨，吴佩孚回光返照，吃了一大碗粥，这里德国西医要求入院开刀，吴坚决不肯去。楼上众说纷纭，没有定见，且将装殓的衣服找出，准备后事。这时齐燮元、符定一与川本大作带了一名日本医生——华北驻屯军军医处长石田，前来要求看治，吴佩孚态度坚决，不让日本医生看病，齐燮元当时又急又气，对张夫人说：“你们老爷不要日本人给他看病，是怕日本人害死他。”齐就偕同川本、石田等上楼，为吴强施手术，汪崇屏对齐说：“恐怕这样不是办法，他已经不行了，为什么还要日本医生担此恶名呢？让他安静地死去，不更好吗？”齐燮元问日本医生：“怎样？”日本医生点点头，表示也许还可以治，结果一刀下去，吴就断气了。齐哭着走下楼来，顿时里里外外哭声一片。一些年轻气盛者，在楼下闹着、嚷着，要打死那两个日本人，川本和石田躲在楼上，一动也不敢动。汪崇屏当时对他们说：“人已经完了，还闹什么？凭良心说，他们也是为吴先生好。”川本、石田被困在楼上，停了大半天，才被送走，境况十分狼狈。
吴佩孚在牙疼初发时还有一段插曲：大总统曹锟一子一女，是姨太太所生。这名姨太太手里有一些积蓄，临死时将子女两人托吴佩孚照顾。其子名叫曹得岳。这个孩子因为手里有些钱，从小又没有严加管教，所以在长大后，经常出入烟花柳巷，狂嫖滥赌，等到钱花光后，吵着、闹着要跟他姐姐分家，并且马上就要分。吴佩孚虽然很不舒服，但还是下楼看着他们姐弟俩分东西。当时有一根翡翠棒，甚为名贵，吴说：“这个不能分开了吧！”得岳将翡翠棒接到手，说：“这还不简单！”砰的一声，就将翡翠棒折成两段。吴佩孚大怒，但对得岳又毫无办法，心里很是难过，一言不发，独自回到楼上。这桩不愉快的家庭纠纷，对吴佩孚的病情也产生了推波助澜的影响。
吴佩孚晚年拒当汉奸，这是众所周知的事实。因此，无论他是否为日本人所杀，都不影响他的晚节。
吴佩孚
