大礼议之后内阁体制有了结构性的变化。士大夫在与皇权的政治冲突中失败了,皇权得到强化,内阁相对独立的地位大为下降。阁臣的角色变了,不再与皇权抗衡或是追求与皇权共治天下,而是成为几乎完全按照皇帝旨意办事的皇权附庸。在这种情况下,何人入阁都改变不了这一格局,只能顺从皇帝。青词宰相就是在这种情况下出现的,与嘉靖初期对抗皇权的杨廷和根本无法相比。相对于六部,内阁的权力大为增强;但相对于皇权,内阁权力则大为下降。士大夫整体上处于低谷,被皇权所制服。
宣德以后士大夫权势有所提高,但只是外朝的情况,内廷由皇帝控制,并且用宦官监视外人,自己玩自己的一套。成化时期皇帝已有内外事务分工的设想,正德时期外朝和内廷似乎有默契,皇帝和士大夫这种分工很微妙。嘉靖初期士大夫其实是想固定这种官员掌权的局面,不料碰上了嘉靖皇帝这样一个硬手,打断了成化、正德以来皇帝和士大夫的这种分工进程。
大礼议中世宗与张太后产生了很深的矛盾,几乎在打败反对派的同时,世宗开始报复外戚张氏。前两位皇后之死与此有关,张氏兄弟及张太后本人也因此而丧命。实际上,老太后与世宗的恩怨,主要原因还是世宗需要压制孝宗一系,确立并抬高自已的统系,这也是大礼议的核心内容。太后属于孝宗一系,因此必受世宗的压制,并非世宗对老太后是否恭敬的问题。