李贽对统治阶级所极力推崇的孔孟之学也大加鞭挞。在《焚书·赞刘谐》及《续焚书》的《圣教小引》、《题孔子像于芝佛院》等文中,他以戏谑嘲讽的笔调贬低孔子,这在尊孔子为至圣先师的古代,真是一种大胆的举动。他认为孔子并非圣人,“虽孔夫子亦庸众人类也”(《焚书·答周柳塘》)。孔子没什么了不起的,“耕稼陶渔之人即无不可取,则千圣万贤之善,独不可取乎?又何必专门学孔子而后为正脉也”(《焚书·答耿司寇》)。人人都是圣人,又何必一定要去学孔子呢?这就把孔子从至高无上的圣人地位上拉下来了。如果一定要将孔子奉为偶像,言行举动都学孔子,那就是“丑妇之贱态”(《焚书·何心隐论》)了。李贽否认儒家的正统地位,否定孔孟学说是“道冠古今”的“万世至论”,认为不能将其当作教条而随便套用。《六经》、《论语》、《孟子》“乃道学之口实,假人之渊薮”(《焚书·童心说》)。李贽对孔子及孔孟之道的批判确已达到了“非圣无法”的地步,难怪统治阶级对他要恨之入骨了。