在戴笠死后继任局长领导全局。毛人凤在军统系统中与毛万里、毛森、戴笠并称为“三毛一戴”。
戴笠死后其遗物很多,如汽车、房屋等,毛人凤一概不用,认为用戴的遗物晦气。使戴笠的汽车由郑介民、唐纵和他分用,将此车给了副主任秘书张严佛。
抗战胜利后,戴笠在南京、上海等地接收了许多高级住房,这些房屋豪华舒适,而毛人凤宁可住处简陋,宁可自己费力找房,也决不要戴笠的住房和办公处。军统新建大厦中最好的办公室,是戴笠生前设计的,毛人凤也不去用,而是要潘其武找一位懂奇门遁甲的人,推算了一间方位好的房间,虽然房间简陋,但他还是高兴的使用。