目前还存有“三套半”。其中,文渊阁本原藏北京故宫,后经上海、南京转运至台湾,现藏台北故宫博物院(也是保存较为完好的一部);
避暑山庄文津阁本于1950年代由中国政府下令调拨到中国国家图书馆,这是目前唯一一套原架原函原书保存的版本;文溯阁《四库全书》愿存于沈阳,1966年10月,当时正处于中苏关系紧张时,为保护《四库全书》安全,林彪下令将秘密从沈阳运至兰州,藏於戈壁沙漠中。目前,辽宁要求归还,以书阁合璧。甘肃方面也修建藏书楼,加强保护;而残缺不全的文澜阁本则藏于浙江省图书馆。
《四库全书》完成至今的两百年间同样中国历经动乱而饱经沧桑,多份抄本在战火中被毁。其中文源阁本在1860年英法联军攻占北京,火烧圆明园时被焚毁,文宗、文汇阁本在太平天国运动期间被毁;杭州文澜阁藏书楼1861年在太平军第二次攻占杭州时倒塌,所藏《四库全书》散落民间,后由藏书家丁氏兄弟收拾、整理、补钞,才抢救回原书的四分之一,于1881年再度存放入修复后的文澜阁。文澜阁本在民国时期又有一次大规模修补,目前大部分内容已经恢复,因此《四库全书》今天只存3套半。